أنشئت عمادة للبحث العلمي في جامعة الإسراء عام 1997-1998 إيماناً بأهمية البحث العلمي وأولته عناية خاصة وتم تشكيل مجلس للبحث العلمي يضم في عضويته ممثل عن كل كلية من كليات الجامعة، إذ يعتبر البحث العلمي من أهم اهداف الجامعة وركيزة أساسية لرفع مستواها العلمي وخدمة القطاعات المختلفة في المجتمع الأردني وعلى كافة الصعد وكذلك على المستوى الاقليمي والعالمي من خلال التعاون مع المراكز البحثية على المستوى المحلي والاقليمي و العالمي.

كما أنشأت برامج للدراسات العليا في الجامعة في مطلع العام الدراسي 2005-0062 لترتبط بعمادة البحث العلمي تحت مسمى عمادة البحث العلمي والدراسات العليا حيث اشتمل برنامج الدراسات العليا في البداية على تخصص القانون في كلية الحقوق ثم تلاه برنامج ماجستير العلوم الصيدلانية في كلية الصيدلة وماجستير إدارة المشاريع الهندسية في كلية الهندسة وماجستير المحاسبة في كلية العلوم الإدارية والمالية، كما أن الجامعة بدأت ببرنامج ماجستير رياض الأطفال في كلية العلوم التربوية وبرنامج ماجستير في هندسة البرمجيات في كلية تكنولوجيا المعلومات ابتداءً من العام الدراسي 2013/2014، ثم استحدثت الجامعة برنامج ماجستير اللغة العربية، ماجستير اللغة الإنجليزية وآدابها، ماجستير هندسة الانشاءات، ماجستير إدارة الاعمال، ماجستير تمريض الحالات المزمنة، وفي عام 2021/2022 تم استحداث ماجستير الاعمال الذكية في كلية الاعمال، وقد استحدثت كلية العلوم التربوية برنامج الدبلوم العالي في الإدارة التربوية.